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O foco desta disciplina é o ensino da linguagem de programação Python para a resolução de problemas de bioinformática. Estudamos a manipulação de arquivos com informação biológica, como arquivos FASTA e Protein Data Bank (PDB). São implementados códigos em Python para a análise da estrutura tridimensional de proteínas determinadas a partir de cristalografia de difração de raios X, como as proteínas descritas no vídeo ao lado.  

Prof. Walter F. de Azevedo Jr., PhD.

Crystallization of protein in a microgravity environment (video in Portuguese). Experiments carried out on the Discovery space shuttle STS-95 on October 29, 1998.

Video about protein crystallography (Dr. José Henrique Pereira, Molecular Biophysics & Integrated Bioimaging, LBNL, Berkeley, CA, USA).

Pereira JH, de Oliveira JS, Canduri F, Dias MV, Palma MS, Basso LA, Santos DS, de Azevedo WF Jr. Structure of shikimate kinase from Mycobacterium tuberculosis reveals the binding of shikimic acid. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2004; 60(Pt 12 Pt 2): 2310-9.

PubMed  PDB   

Bioinformática (com Python)     

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Projetos Sugeridos         

     -Acetylcholinesterase (EC 3.1.1.7)   PubMed   MOTM                   
     -Beta-Lactamase (or Cephalosporinase) (EC 3.5.2.6)   PubMed   MOTM            
     -Chorismate Synthase (EC 4.2.3.5)   PubMed   
     -Cyclin-Dependent Kinase 1 (EC 2.7.11.22)   PubMed       
     -Cyclin-Dependent Kinase 2 (EC 2.7.11.22)   PubMed       
     -Cyclin-Dependent Kinase 4 (EC 2.7.11.22)   PubMed       
     -Cyclin-Dependent Kinase 5 (EC 2.7.11.22)   PubMed       
     -Cyclin-Dependent Kinase 6 (EC 2.7.11.22)   PubMed       
     -Cyclooxygenase-1 and 2 (EC 1.14.99.1)   PubMed   MOTM   
     -Cytochrome P450 2C9 (EC 1.14.13.-)   PubMed   MOTM   
     -Dihydrofolate Reductase (or Tetrahydrofolate Dehydrogenase) (EC 1.5.1.3)   PubMed   MOTM   
     -Enoyl-[Acyl-Carrier-Protein] Reductase (NADH) (or Enoyl-ACP Reductase) (EC 1.3.1.9)   PubMed   
     -3-enol-pyruvoylshikimate-5-phosphate synthase (EPSP synthase) (EC 2.5.1.19)   PubMed     
     -Epidermal Growth Factor Receptor ErbB1 (EC 2.7.10.1)   PubMed   MOTM     
     -Human Immunodeficiency Virus Type 1 Integrase (EC 2.7.7.-)   PubMed   MOTM   
     -Human Immunodeficiency Virus Type 1 Protease (EC 3.4.23.16)   PubMed   MOTM   
     -Human Immunodeficiency Virus Type 1 Reverse Transcriptase (EC 2.7.7.49)   PubMed  MOTM   
     -Neuraminidase (or Exo-Alpha-Sialidase) (EC 3.2.1.18)   PubMed   MOTM   
     -Purine Nucleoside Phophorylase (or Inosine Phosphorylase) (EC 2.4.2.1)   PubMed   
     -Serotonin Receptor   PubMed   MOTM    

     -Shikimate Kinase (EC 2.7.1.71)   PubMed   
     -Tyrosine-Protein Kinase SRC (EC 2.7.10.2)   PubMed  MOTM        
    

Links Relacionados     

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