Recent Publications  

 

Editor for the Following Journals

Research

Nesta disciplina apresento recursos computacionais para o desenho e descoberta de fármacos. O foco é no uso de abordagens de docking molecular para a identificação de potenciais novos inibidores para proteínas que são alvos para o desenvolvimento de fármacos. São usadas as estruturas tridimensionais de proteínas que foram estudadas por meio de cristalografia de difração de raios X, como a descrita no vídeo ao lado.

Prof. Walter F. de Azevedo Jr., PhD.

Crystallization of protein in a microgravity environment (video in Portuguese). Experiments carried out on the Discovery space shuttle STS-95 on October 29, 1998.

Video about protein crystallography (Dr. José Henrique Pereira, Molecular Biophysics & Integrated Bioimaging, LBNL, Berkeley, CA, USA).

Pereira JH, de Oliveira JS, Canduri F, Dias MV, Palma MS, Basso LA, Santos DS, de Azevedo WF Jr. Structure of shikimate kinase from Mycobacterium tuberculosis reveals the binding of shikimic acid. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2004; 60(Pt 12 Pt 2): 2310-9.

PubMed  PDB    

Desenho de Drogas In Silico     

     -Aula 01   ZIP        
     -Aula 02   ZIP         
     -Aula 03   ZIP         
     -Aula 04   ZIP         
     -Aula 05   ZIP         
     -Aula 06   ZIP         
     -Aula 07   ZIP            
     -Aula 08            
   

Projetos Sugeridos                  

     -Acetylcholinesterase (EC 3.1.1.7)   PubMed   MOTM                   
     -Beta-Lactamase (or Cephalosporinase) (EC 3.5.2.6)   PubMed   MOTM            
     -Chorismate Synthase (EC 4.2.3.5)   PubMed   
     -Cyclin-Dependent Kinase 1 (EC 2.7.11.22)   PubMed       
     -Cyclin-Dependent Kinase 2 (EC 2.7.11.22)   PubMed       
     -Cyclin-Dependent Kinase 4 (EC 2.7.11.22)   PubMed       
     -Cyclin-Dependent Kinase 5 (EC 2.7.11.22)   PubMed       
     -Cyclin-Dependent Kinase 6 (EC 2.7.11.22)   PubMed       
     -Cyclooxygenase-1 and 2 (EC 1.14.99.1)   PubMed   MOTM   
     -Cytochrome P450 2C9 (EC 1.14.13.-)   PubMed   MOTM   
     -Dihydrofolate Reductase (or Tetrahydrofolate Dehydrogenase) (EC 1.5.1.3)   PubMed   MOTM   
     -Enoyl-[Acyl-Carrier-Protein] Reductase (NADH) (or Enoyl-ACP Reductase) (EC 1.3.1.9)   PubMed   
     -3-enol-pyruvoylshikimate-5-phosphate synthase (EPSP synthase) (EC 2.5.1.19)   PubMed     
     -Epidermal Growth Factor Receptor ErbB1 (EC 2.7.10.1)   PubMed   MOTM     
     -Human Immunodeficiency Virus Type 1 Integrase (EC 2.7.7.-)   PubMed   MOTM   
     -Human Immunodeficiency Virus Type 1 Protease (EC 3.4.23.16)   PubMed   MOTM   
     -Human Immunodeficiency Virus Type 1 Reverse Transcriptase (EC 2.7.7.49)   PubMed  MOTM   
     -Neuraminidase (or Exo-Alpha-Sialidase) (EC 3.2.1.18)   PubMed   MOTM   
     -Purine Nucleoside Phophorylase (or Inosine Phosphorylase) (EC 2.4.2.1)   PubMed   
     -Serotonin Receptor   PubMed   MOTM    

     -Shikimate Kinase (EC 2.7.1.71)   PubMed   
     -Tyrosine-Protein Kinase SRC (EC 2.7.10.2)   PubMed  MOTM    


Links Relacionados     

     -Pesquisadores Mais Citados Mundialmente (Interação Proteína Ligante) no Google Scholar          
     -Pesquisadores Mais Citados Mundialmente (Docking Molecular) no Google Scholar 
     -Pesquisadores Mais Citados Mundialmente (Computação Bioinspirada) no Google Scholar               
     -Pesquisadores Mais Citados Mundialmente (Biologia de Sistemas Computacional) no Google Scholar               

     -Google Scholar                
     -Research Gate        
     -Google Scholar                
     -Download Programa VMD     
     -Molecule of the Month      
     -Protein Data Bank         
     -Research Projects                                                        
     -Biomatics.org                   

     -
SAnDReS                  
     
-ZINC       
         -All Special Subsets       
         -ZINC Biogenic Compounds   ZIP   
         -ZINC Drug Database   ZIP   
         -ZINC Metabolites Database   ZIP  

         -ZINC Natural Products   ZIP   

    
                         

Links para Bibliotecas e Cursos de Python