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Frontiers Section Editor (Bioinformatics and Biophysics) for the Current Drug Targets ISSN: 1873-5592

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Research

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Protein-Ligand Interacions

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Molecular Docking

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Bioinspired Computing

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Computational Systems Biology

 

Recent Publications

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da Silva AD et al. J Comput Chem. 2020; 41(1): 69-73.

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Volkart PA et al. Curr Drug Targets. 2019;20(7):716-726

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Russo S, De Azevedo WF. Curr Med Chem 2019. 26(10):1908-1919

      

Apresentação

Aqui está uma lista de materiais sobre assuntos de interesse geral para formação científica de estudantes de graduação das áreas de ciências da saúde e da vida. Há material sobre a publicação de artigos e tutoriais de como usar o PubMed e o Publons. Há textos sobre como podemos usar inteligência artificial e técnicas de biofísica para a descoberta de fármacos contra a COVID-19. Cada título apresenta um PDF com um texto explicativo. Para cada assunto temos um link para um questionário do Google Forms com questões sobre o assunto abordado. O sistema abaixo permite buscas por palavras-chaves. 

Apoio financeiro: Este material foi desenvolvido com recursos do CNPq (Processo Número: 309029/2018-0).

Trabalhos Discentes Efetivos

Materiais      QR Codes
Título: Da Descoberta ao Artigo Científico.

Autor: Dr. Walter F. de Azevedo Jr.

 

Os principais passos para transformar uma descoberta científica em um artigo científico estão aqui descritos. Numa linguagem clara e objetiva é apresentado na forma de um fluxograma esquemático o processo da aplicação do método científico, com elaboração de hipóteses e testes destas, bem como a análise dos resultados e a geração de conhecimentos por meio de artigos científicos.

Palavras-chaves: artigo científico; método científico; hipótese científica; descoberta científica; teste de hipótese; análise de resultados

Título: Como Publicar Artigos Científicos.

Autor: Dr. Walter F. de Azevedo Jr.

 

Aqui, os detalhes do processo para publicação de um artigo científico são apresentados. O objetivo é mostrar de forma didática e leve o que é uma publicação científica e qual o caminho a seguir para ter seus resultados científicos publicados. Num texto claro e objetivo são descritas na forma de um fluxograma esquemático todas as etapas necessárias para o aceite de um artigo científico.

Palavras-chaves: Artigo científico; método científico; hipótese científica; descoberta científica; teste de hipótese; análise de resultados

Título: Fatores de Impacto de Periódicos Científicos.

Autor: Dr. Walter F. de Azevedo Jr.

 

Aqui é explicado como calcular os fatores de impacto dos periódicos científicos. O objetivo é mostrar de forma didática como aplicar a equação do fator de impacto e seu uso é ilustrado com um exemplo real. Fatores de impacto são determinantes na avaliação da qualidade da produção científica de pesquisadores e dos programas de pós-graduação Stricto Sensu.

Palavras-chaves: Fator de impacto; artigo científico; produção científica; stricto sensu; pós-graduação; pesquisa científica; mestrado; doutorado

Título: Artigos Científicos: Fatos e Mentiras.

Autor: Dr. Walter F. de Azevedo Jr.

 

Aqui são apresentadas algumas controvérsias sobre a publicação de artigos científicos. Como a produção científica é um dos principais parâmetros usados para avaliação do desempenho científico de pesquisadores e estudantes de iniciação científica, mestrado e doutorado, esclarecimentos sobre os critérios e a eliminação de conceitos errados permitem que futuros cientistas foquem no que é relevante para sua formação acadêmica. Num texto claro e objetivo são dadas explicações de afirmações de estudantes de pós-graduação e iniciação científica, desmitificando muitos conceitos errados que diversos estudantes desenvolvem durante sua formação acadêmica.

Palavras-chaves: Artigo científico; produção científica; stricto sensu; pós-graduação; pesquisa científica; iniciação científica; mestrado; doutorado; publish or perish

Título: Como Usar o Publons (Pesquisadores).

Autor: Dr. Walter F. de Azevedo Jr.

 

O Publons (https://publons.com/about/home/) é uma ferramenta online gratuita que permite acessar métricas de citações de artigos científicos de pesquisadores que tenham suas publicações indexadas junto ao Web of Science. Num texto claro e objetivo é descrito na forma de um tutorial como acessar as publicações de um dado cientista e como avaliar o índice h (h-index) deste, bem como sua atuação como editor e revisor de periódicos científicos indexados junto ao Web of Science.

Palavras-chaves: Publons; artigo científico; revisão por pares; revisor; editor; índice h; h-index; Web of Science ; métricas; citações

Título: Como Usar o PubMed.

Autor: Dr. Walter F. de Azevedo, Jr.

 

O PubMed é uma base de dados (site da internet que você pode pesquisar por palavras-chaves) que permite o acesso a quase todos os artigos científicos das áreas das ciências da saúde e da vida. Para acessar o PubMed, basta digitar no seu navegador https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/, que você será direcionado para a página de buscas. Você pode acessar também digitando http://pubmed.gov/ no seu navegador. Num texto claro e objetivo aqui é descrito na forma de um tutorial como podemos acessar as publicações de um dado cientista no PubMed, bem como pesquisar sobre assuntos e buscar artigos de periódicos científicos específicos.

Palavras-chaves: PubMed; artigo científico; buscas, autores, assunto, periódicos científicos

Título: Protease Principal do SARS-CoV-2.

Autor: Dr. Walter F. de Azevedo Jr.

 

Aqui está descrita a estrutura tridimensional do complexo da protease principal do SARS-CoV-2 com um fármaco em potencial para tratar COVID-19 usando recursos computacionais interativos disponíveis no site https://www.rcsb.org/3d-view/6Y7M/1. As proteases são enzimas que catalisam a clivagem de outras proteínas e peptídeos, a protease principal do SARS-CoV-2 catalisa tal clivagem. Esta protease realiza uma importante etapa no ciclo da infecção viral. Como em outros vírus, o SARS-CoV-2 leva a célula infectada a produzir muitas cópias de suas proteínas. Estas proteínas se apresentam inicialmente como um única cadeia polipeptídica (poliproteína), que tem várias proteínas coladas numa cadeia. A função da protease principal do SARSCoV-2 é catalisar a clivagem da poliproteína em unidades menores funcionais. A correta execução de tal clivagem é crítica para o processo de infecção viral.

Palavras-chaves: COVID-19; SARS-CoV-2; vírus; poliproteína; protease principal; Protein Data Bank; PDB; estrutura tridimensional; desenho de fármacos; drug design; descoberta de fármacos; drug discovery; cristalografia; difração de raios X; 3D-View; infecção viral

Título: Infecção pelo SARS-CoV-2.

Autor: Dr. Walter F. de Azevedo Jr.

 

Aqui está descrito o processo de infecção do SARS-CoV-2. O foco está na descrição das proteínas envolvidas no processo de infecção do SARS-CoV-2. O agente causador da COVID-19 é o vírus SARS-CoV-2. Este apresenta no seu capsídeo a glicoproteína spike. Esta proteína liga-se à enzima conversora de angiotensina 2 (ACE2) das células do hospedeiro e promove a infecção destas.

Palavras-chaves: COVID-19; SARS-CoV-2; glicoproteína; spike; Protein Data Bank; PDB; desenho de fármacos; drug design; descoberta de fármacos; drug discovery; infecção viral; ACE2; enzima conversora de angiotensina 2; capsídeo; vírus

Título: Cristalografia para Descoberta de Fármacos contra o SARS-CoV-2.

Autor: Dr. Walter F. de Azevedo Jr.

 

A cristalografia por difração de raios X é a principal técnica usada para a determinação da estrutura tridimensional de biomoléculas. Aqui está descrito como podemos aplicar a técnica de cristalografia por difração de raios X para a descoberta de fármacos para tratar a COVID-19. As principais etapas da técnica são apresentadas de forma didática e objetiva. É discutida a analogia da chave-fechadura e como podemos usar esta abordagem para entendermos a interação intermolecular de um fármaco com sua proteína-alvo. É usada a protease principal do SARS-CoV-2 como exemplo de aplicação da cristalografia para a descoberta de fármacos para tratar a COVID-19.

Palavras-chaves: COVID-19; SARS-CoV-2; vírus; poliproteína; protease principal; Protein Data Bank; PDB; estrutura tridimensional; desenho de fármacos; drug design; descoberta de fármacos; drug discovery; cristalografia; 3D-View; infecção viral; chave-fechadura

Título: Inteligência Artificial para Descoberta de Fármacos contra o SARS-CoV-2.

Autor: Dr. Walter F. de Azevedo Jr.

 

A aplicação de métodos de inteligência artificial permite que a informação biológica disponível seja transformada em modelos computacionais para previsão da eficiência de potenciais fármacos. Foi usado como exemplo projetos de pesquisa focados na descoberta de fármacos para tratar a COVID-19, usando como alvo a protease principal do SARS-CoV-2. Muitos fármacos são desenvolvidos a partir do uso de simulações computacionais, inclusive baseados nas ideias da evolução darwiniana. Para entender tais estudos, temos que ver a interação do fármaco com uma proteína alvo. Podemos usar a analogia da interação da chave com a fechadura, onde o fármaco é a chave e a proteína alvo é a fechadura. A combinação de docagem molecular (molecular docking) com inteligência artificial (aprendizado de máquina) tem grande potencial de auxiliar na identificação de fármacos em potencial para tratar a COVID-19.

Palavras-chaves: COVID-19; SARS-CoV-2; vírus; poliproteína; protease principal; Protein Data Bank; PDB; estrutura tridimensional; desenho de fármacos; drug design; descoberta de fármacos; drug discovery; cristalografia; 3D-View; infecção viral; chave-fechadura; inteligência artificial, aprendizado de máquina, machine learning; docagem molecular; molecular docking

Título: Como Usar o PubChem.

Autor: Dr. Walter F. de Azevedo Jr.

 

O PubChem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) é uma base de dados sobre a estrutura de moléculas. No PubChem há informações completas sobre a estrutura, perfil físico-químico e características farmacológicas de milhões de moléculas. Aqui está descrito como usar esta ferramenta e exemplos de como obter informações químicas armazenadas no PubChem.

Palavras-chaves: PubChem; estrutura tridimensional; desenho de fármacos; drug design; descoberta de fármacos; drug discovery

Título: Protease do HIV em Complexo com o Fármaco Antiaids Ritonavir.

Autor: Dr. Walter F. de Azevedo Jr.

 

A protease do HIV é um importante alvo para o desenho de fármacos conta a Aids. Essa proteína catalisa a reação de clivagem da poliproteína do HIV. A clivagem da poliproteína é necessária para que o vírus atinja sua fase madura é infecte outras células. A inibição da protease do HIV impede que vírus alcance a fase madura e o processo de infecção é reduzido.

Palavras-chaves: HIV; Aids; protease; poliproteína; estrutura tridimensional; desenho de fármacos; drug design; descoberta de fármacos; drug discovery

Título: Bases Moleculares da Anemia Falciforme.

Autor: Dr. Walter F. de Azevedo Jr.

 

A hemoglobina é a proteína responsável pelo transporte do oxigênio no sangue. A partir do seu estudo estrutural foi possível entendermos as bases moleculares da anemia falciforme. Aqui é descrita a estrutura tridimensional da hemoglobina de indivíduos com anemia falciforme usando recursos computacionais interativos disponíveis no site https://www.rcsb.org/3d-view/2HBS/1 . Após o estudo do material a seguir, responda as questões ao final da apresentação.

Palavras-chaves: Anemia; falciforme; hemoglobina; mutação; genética; aminoácido; estrutura cristalográfica; bases moleculares

Título: Interações do DNA com o Fármaco Anticâncer (Doxorrubicina).

Autor: Dr. Walter F. de Azevedo Jr.

 

Trabalho discente efetivo sobre a estrutura tridimensional do complexo DNA com o fármaco anticâncer doxorrubicina usando recursos computacionais interativos disponíveis no site https://www.rcsb.org/3d-view/1D12/1. Após o estudo do texto a seguir, responda as questões.

Palavras-chaves: DNA; molécula; doxorrubicina; câncer; anticâncer; fármaco; agente intercalante; par de bases; nucleotídeo; estrutura cristalográfica; bases moleculares

Título: Complexo da Proteína Supressora de Tumores p53 com DNA.

Autor: Dr. Walter F. de Azevedo Jr.

 

Trabalho discente efetivo sobre a estrutura tridimensional do complexo proteína supressora de tumores p53-DNA usando recursos computacionais interativos disponíveis no site https://www.rcsb.org/3d-view/1TUP/1. Após o estudo do texto a seguir, responda as questões.

Palavras-chaves: DNA; molécula; p53; câncer; anticâncer; estrutura cristalográfica; bases moleculares

Título: Complexo da CDK2 com Fármaco Anticâncer.

Autor: Dr. Walter F. de Azevedo Jr.

 

Trabalho discente efetivo sobre a estrutura tridimensional do complexo quinase dependente de ciclina 2 (cyclin-dependent kinase 2, CDK2) em complexo com o fármaco anticâncer roscovitina usando recursos computacionais interativos disponíveis no site https://www.rcsb.org/3d-view/2A4L/1. Após o estudo do texto a seguir, responda as questões.

Palavras-chaves: CDK2; cyclin-dependent kinase; roscovitina; inibidor; quinase dependente de ciclina; câncer; anticâncer; estrutura cristalográfica; bases moleculares